本会は歯科医学を通じ会員相互の親睦福祉を増進し、母校の発展に寄与する事を目的とし正会員、準会員、名誉会員、特別会員をもって組織される。
本会は会長および監事は選挙管理規約に基づき、正会員の中より選挙により選出し、副会長、専務理事、常務理事、理事は正会員の中より会長が委嘱し、理事会の構成を行なう。
本会の最高議決機関は総会であり、毎年5月定期総会を行なう。各支部より選出された代議員により代議員会を開催し、各種事項の審議、承認を行なう。
本会は会務処理の円滑を期するために、書記局・学術局・渉外局・組織局・編集出版局・厚生福祉 局・会計局の7局を置き、各局に会長委嘱の担当理事を置く。尚、必要な時は各種委員会を設置することができ、現在以下の委員会が設けられている。
常設委員会としては、PGC実行委員会・時局対策委員会・国際交流委員会・準会員支援委員会・女性企画委員会・Web講演会実行委員会の6つの委員会がある。今年度の臨時委員会としては、会務検討委員会・医療問題研究委員会・広告検討委員会・ホームカミングデー運営委員会の4つの委員会がある。その他に選挙管理委員会と基金管理委員会があり本会の会計は入会金、会費ならびに寄付金・協賛金をもって同窓会基金を設立し、歯学部同窓会基金管理委員会が管理する。
本会は原則として各都道府県を単位として支部を置き、各地域を1つの単位とした地域連絡協議会 を置く。支部は現在全国に48支部設置されており、各々の支部活動を行なっている。地域連絡協議会は現在、関東甲信越、関西、北陸、中国、四国、九州の6ヶ所に設置されている。
